بهتر و درست بود که دیتابیس های این دو رو جدا میکردید.
چه از لحاظ امنیتی و چه از لحاظ مسائل فنی جدا بودنشون بهتر بود.
بله امکان جدا سازی هست منتها کار و کمی تخصص نیاز داره. باید تیبل های هر دیتابیس از تیبل مشترک دانلود و به تیبل خودشون در دیتابیس مجزا منتقل بشند.
با توجه به اینکه احتمالا سایت شما تازه تاسیس هست راه حل بعدی این میتونه باشه که دیتابیس فعلی رو باقی بذارید برای یکی از این سیستم ها و سیستم دیگرتون رو از این دیتابیس جدا و به یک دیتابیس جدید انتقال بدید. مشکل عمده فنی که از بابت دیتابیس مشترک میتونه پیش بیاد، مشکل حجیم شدن اون بعد از مدتی و موارد خاص این مسئله هست.