نام مبارک امام پنجم محمد بود . لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم است ،بدين جهت که : دريای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت . القاب ديگری مانند شاکر و صابر و هادی نيز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هريک باز گوينده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
کنيه امام " ابوجعفر " بود . مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی ( ع ) است . بنابراين نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن ( ع ) و از سوی پدر به امام حسين ( ع ) مي رسيد . پدرش حضرت سيدالساجدين ، امام زين العابدين ، علی بن الحسين ( ع ) است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57هجری در مدينه اتفاق افتاد . در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سيد الشهداء کودکی بود که به چهارمين بهار زندگيش نزديک مي شد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95هجری که سال درگذشت امام زين العابدين ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114ه . يعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است .