این شهر که در ابتدا توسط میوزیکاها باکاتا نامیده میشد، پیش از آنکه کاوشگران اسپانیایی منطقه را تحت استعمار قرار دهند، مرکز تمدن آنها محسوب میشد و جمعیت فراوانی را در خود جای داده بود. در ۶ اوت ۱۵۳۸ (میلادی) گونزالو ژیمنز دی سلامحاتا اقامتگاه اروپاییان را بنا نهاد و با توجه به نام زادگاه خود و نام محلی، آنرا سانتا فی د باکاتا نامگذاری کرد. نام «باکاتا» تا زمانیکه پایتخت پادشاهی جدید گرانادا شد به بوگاتای مدرن تغییر یافته بود. بوگوتا در آن زمان بخشی از نیابالسلطنه پرو و سپس نیابالسلطنه گرانادای نو به شمار میآمد و به یکی از مراکز قدرت استعمار اسپانیا و تمدن امریکای جنوبی تبدیل شدهبود.
در ۱۸۱۰-۱۸۱۱، ساکنان این شهر علیه استعمار حکومت اسپانیا شورش کردند و دولتی از خودشان تشکیل دادند، اما ناچار بودند به تقسیم بندیهای داخلی رضایت داده و بازگشت موقت ارتش وفادار اسپانیا، که از سال ۱۸۱۶ تا ۱۸۱۹ کنترل شهر را بازپس گرفتند رضایت دهند تا اینکه سیمون بولیوار پس از پیروزیاش در بویاکا این شهر را باز پس گرفت. پس از آن بوگاتا به پایتخت گراند کلمبیا که اتحادیهای متشکل از پاناما، ونزوئلا، کلمبیا و اکوادور بود، تبدیل شد. پس از آنکه جمهوری مذکور به بخشهای مختلف خود تجزیه شد، بوگاتا پایتخت گرانادای نو باقی ماند و بعدها به به جمهوری کلمبیا تبدیل شد.
در سال 1956، این بخش شهر به سایر بخشهای شهر وصل شد و یک «منطقه ویژه» را به وجود آورد (اسپانیولی: Distrito Especial). بر اساس نظامنامهای که در سال ۱۹۹۱ وضع شد، بوگوتا به پایتخت کلمبیا تبدیل شد و «سانتا فی د بوگوتا» نام گرفت و رده آن از منطقه ویژه به «منطقه پایتخت» تغییر یافت. (اسپانیولی: Distrito Capital).
در اوت سال ۲۰۰۰ نام پایتخت رسما از «سانتا فی د بوگوتا» به بوگوتا دیسی تغییر یافت. منطقه پایتخت بوگوتا دولت محلی منطقه پایخت را در برمیگیرد، رییس کنونی دولت لوییس ادواردو گارزون میباشد.