
برخی کاوشگران ساخت این بنا را در قرن سوم و یا اوایل قرن چهارم هجری دانسته اند و برخی دیگر از جغرافیدانان معتقدند که این مسجد در آغاز ورود اسلام به ایران و در قرن اول هجری ساخته شده است که برخی محققان و نشریات نظیر نشریه تاریخی و باستانی با استناد به منابعی در مورد مسجد جامع، قدمت آن را قرن اول هجری می دانند.
مسجد جامع دزفول بعد از پل قدیم ، مهمترین اثر تاریخی شهر دزفول است که با توجه به حفظ حالت اولیه خود و ویژگی های معماری و تاثیری که در طول تاریخ بر شهر دزفول داشته ، به تازگی پرونده ثبت جهانی آن توسط سازمان میراث فرهنگی برای ارائه به سازمان یونسکو در حال تدوین است.
مسجد جامع در گذر زمان از ابتدای احداث همواره در کانون توجهات بوده و به دلیل اهمیتی که داشته در دوره های مختلف بازسازی و مرمت شده است. از روی سنگ نوشته هایی که در مسجد موجود است آخرین مرمت های این مسجد در دوره های صفویه و قاجاریه بوده، از جمله بر روی یکی از سنگ ها، تاریخ تعمیر ، مقارن با پادشاهی شاه سلطان حسین صفوی است و به همین خاطر رنگ های آبی و فیروزه و کاشی های آبی که شاخصه معماری آن دوران است در بخش هایی از مسجد دیده می شود. و یا بر روی یکی از کاشی ها تاریخ ۱۲۵۳ یعنی در زمان محمد شاه قاجار ذکر شده است.
اما اصل مسجد مانند تمام مساجد کهن اسلامی به نشانه عبودیت و بندگی رنگی از خاک دارد که نمایانگر شکوه، و زیبایی خاصی است.
از دیگر دلایل قدمت بالای مسجد ، سبک معماری آن است که الگو گرفته از معماری کاخ ایوان کرخه و معماری دوره ساسانی است که با گشتی در این مسجد زیبا و تاریخی خود را به رخ بیننده کشانده و میهمان سفری به قرن ها پیش می کند.